Program Studi Magister Biologi berdiri berdasarkan surat ijin pendirian Prodi oleh Direktorat Pendidikan Tinggi tanggal 29 Nopember 2007 dengan no SK/4013/D/T/2007. Berdasarkan Surat Keputusan tersebut Prodi Magister Biologi menerima mahasiswa baru untuk pertama kali pada tahun ajaran 2008/2009.